Renumber the pipeline substeps to match the paper (5-1 becomes 5a)

prompts/ and runs/ move by git mv; zero padding dropped; the
arbitration and LLM-merge rows in the cost ledger carry no new
name -- their step column reads 已廢棄 with the original name
kept in a new last column.  Archived meta.json files and past
decision-log entries keep the names they were written with.

Co-Authored-By: Claude Opus 5 <noreply@anthropic.com>

docs/decision-log.md

@@ -912,3 +912,23 @@
   研究的執行方式、沿用與棄用的成果,以及它如何促成正式研究
   的可稽核設計;投稿摘要不於樹中另存副本,其內容留在 git
   歷史(`paper/abstract.md` 的前身)。
+
+## 2026-08-18
+
+- **工序編號改與論文正文一致**:論文正文將五個步驟的細分
+  工序以字母標示(表三「步驟3a」、表四「步驟5d」),repo
+  的檔名與歸檔目錄卻沿用 `05-01`、`05-02` 這種數字次步,
+  兩邊對不上。裁定:改為 `1-tag`、`2-cluster`、`3a-code`、
+  `4-group`、`5a-read`、`5b-consolidate`、`5c-synthesize`、
+  `5d-annotate`(`prompts/` 與 `runs/` 同步,以 `git mv`
+  保留歷史),補零一併取消。`runs/*/meta.json`
+  內記的 `prompt_path` 不追改——它是執行當下的實況記錄;
+  本日誌的既有條目同理,維持當時的名稱。`run-costs.md` 則
+  相反:它的「步驟」欄是查閱歸檔的索引,故一律換為現行
+  編號(`01-01-01-tag`→`1-tag`、`03-01-code` 與
+  `03-code`→`3a-code`),並新增末欄「原步驟名」保留執行
+  當時的名稱——索引要指得到現在的歸檔,紀錄要留得住當時
+  的形狀,兩者以兩欄並存解決。已刪除的工序(步驟 2 的
+  LLM 合併嘗試 `01-02-01-merge`、步驟 3 的仲裁
+  `03-02-arbitration`)其歸檔已不存在,無現行編號可指,
+  不另發新名,步驟欄逕標「已廢棄」,原名存於末欄。